河姆渡遗址总面积约4万平方米，文化堆积厚度4米左右，叠压着4个文化层，年代约为公元前 5000——3000 年。其中，第一文化层距今约5000年，第二文化层距今约5600年，第三文化层距今约6000年，第四文化层距今约7000年。

　　河姆渡遗址的发现是一个偶然，1973年夏天，余姚县罗江公社（现余姚市河姆渡镇）决定在姚江边上的渡头村兴建一项水利工程，以提高抵御洪涝灾害的能力。在施工挖土过程中，人们发现了大量的陶片和动物的骨骸，这一现象引起了上级文化部门的重视。经过1973年冬天和1977年冬天先后两次考古发掘，河姆渡遗址以其独特的文化面貌破土而出，呈现在了世人面前，引起了国内外的高度关注。 

　　两次考古发掘合计揭露面积2800平方米，出土了6700余件文物，发现了大量的人工栽培水稻、大片的木构建筑遗迹和丰富的动植物遗存，为研究农业、畜牧、建筑、纺织、艺术和中国文明的起源提供了及其珍贵的实物资料，被学术界命名为河姆渡文化。1982年国务院公布河姆渡遗址为第二批全国重点文物保护单位。

　　河姆渡遗址是我国东南沿海极为重要的新石器时代遗址,其文化特征具有浓郁的江南水乡地域特色,在中华民族远古文化的形成过程中作出了重要的贡献，主要有：

　　栽培水稻，从事以稻作为主的农业经济活动。在第四文化层较大面积内分布着稻谷堆积层,最厚处近1米。伴随出土的是代表性农具——骨耜,出土170余件。稻谷和骨耜的发现对于探讨中国栽培水稻的起源及其在稻作农业史上的地位,具有重要的意义。  

　　发明榫卯木作技术，居住木结构房子。遗址发掘中，到处可见数量众多的木桩及木构件，据考证为“干栏式”建筑遗迹。这种既可防潮又能防止野兽侵袭的“干栏式”建筑是我国南方传统木构建筑的祖源。尤其是榫卯技术的运用，把中国榫卯技术的历史推前了2000多年,被考古学家称之为 7000年前的奇迹。 

　　驾驭舟楫,开展水上活动。遗址共出土了8支木桨,这是目前所知世界上最早的水上交通工具。遗址出土的大量动植物遗存中以水生动植物为多,特别是鲨、鲸、裸顶鲷等海生鱼类骨骸的发现,证明河姆渡先民已经凭借舟揖把活动范围扩大到江河及近海地区,这在经济活动和与外界交往中有重要意义。

　　信奉崇尚凤鸟。河姆渡遗址出土的大量精美艺术品中,不少饰有鸟和太阳结合的图案,单独雕塑的鸟形象也出土数件。其中一级文物“双鸟朝阳”象牙雕刻件更是原始艺术品中的精品,形象地反映了原始农业发明以后,先民对知时的鸟和照耀万物的太阳的崇拜。用骨、角、兽牙和玉石材料制成的,是河姆渡先民精神、文化生活的又一体现。玉玦、玉璜的出现,证明了河姆渡文化也是中华民族崇尚玉器传统的源头之一。

　　河姆渡遗址出土文物还表明,河姆渡先民已开始纺纱织布,掌握髹漆,挖凿水井,这一切大大开阔了人们的视野,有力地支持了中华民族文化起源是多元的见识,证明了长江、黄河流域都是中华民族远古文化的摇篮，河姆渡遗址因此而被称为二十世纪中国最重要的考古发现之一。

　　遗址现场展示，西位于博物馆东南100米处占地面积2300平方米。以考古发掘场景复原和“干栏式”建筑重建，先民生产生活场景再现为文体内容。在2800平方米考古发掘现场内布满密密麻麻的木建筑构件和散布其间的文物，不由得让人回想当时土破惊天的场面。在复原的"干栏式"建筑内外布置着各类生活、生产场景，妇女们纺纱织布，男人们斫木盖房。有的磨制骨器，有的捣谷脱壳，有的和泥制陶，有的凝神雕刻，使人仿佛回到了远古时代，亲身体验先民创造灿烂文化的过程。在现场展示区还有河姆渡古生育文化园，由著名学者费孝通题名，向游客介绍河姆渡先民的生育理念和生育行为。